The AUA Jabatan Garis Panduan Amalan Klinikal menghasilkan Garis Panduan dan Penyata Amalan Terbaik. Jabatan ini juga memudahkan kajian AUA dan kelulusan garis panduan yang dibangunkan oleh pertubuhan-pertubuhan di luar seperti yang diperlukan. Di samping itu, The AUA Garis Panduan Jabatan menyediakan sokongan kakitangan bagi Jawatankuasa Garis Panduan Amalan, sebuah jawatankuasa pakar perubatan yang berfungsi sebagai sumber kepada Jabatan Garis Panduan dan panel garis panduan. Kerana kepakaran klinikal mereka, ahli-ahli Jawatankuasa boleh menasihati jabatan AUA lain juga.